在作物新品种选育工作中，传统的个体选择主要是针对符合育种目标的农艺性状进行直接选择，即选择的是个体的表现型而不是基因型。主要通过形态学标记、细胞学标记和同工酶标记应用于个体选择，这些选择育种方法均不能满足个体选择要求。

随着现代分子生物学的发展，现代生物技术为作物育种提供了强有力的工具，其中分子标记辅助选择技术不仅弥补了作物育种中传统选择技术效率低的缺点，而且加快了育种进程，为广大育种专家所采用。

    分子标记辅助选择是利用与目标基因紧密连锁的分子标记，并结合常规育种方法，在杂交后代中准确鉴别不同个体的基因型，从而进行辅助选择育种。MAS在选择育种中的应用优势越发突出。

     回交育种：通过快速有效地选择出带有目标基因和以轮回亲本为遗传背景的单株，及减少连锁累赘，提高育种选择效率及加快育种进程。

    基因聚合：基因聚合就是将不同品种中的有用基因聚合到同一个基因组中。尤其在抗性育种中，采用与抗性基因紧密连锁的分子标记进行辅助选择，可以加速抗源筛选和抗性基因鉴定，提高育种效率，缩短育种周期。例如借助分子标记将水稻白叶枯病的4个广谱抗性基因聚合到IRBB60品系中，聚合后的品系比原品系的抗性更高。

    数量性状改良：作物的大部分农艺性状由多基因或OTL控制数量性状，每个基因对目标性状只表现微效作用，且受环境影响较大。通过建立高密度的分子遗传图谱，利用与QTL紧密连锁的分子标记对这些QTL进行转移以达到对这些数量性状进行改良。例如，国外研究者用5个分子标记对一个大豆品种进行了抗旱性改良的分子标记辅助选择，结果在干旱条件下产量增加了11%。

引用文献：

张文龙, 陈志伟, 杨文鹏,等. 分子标记辅助选择技术及其在作物育种上的应用研究[J]. 种子, 2008, 027(004):39-43.

沈新莲, 张天真. 作物分子标记辅助选择育种研究的进展与展望[J]. 高技术通讯, 2003, 13(002):105-110.

王麒. 分子标记辅助选择及其在水稻育种中应用与展望[J]. 黑龙江农业科学, 2009(1):140-143.

李海渤.分子标记辅助选择技术及其在作物育种上的应用（综述）[J].河北职业技术师范学院学报，2002（4）：68-72.